“비급여 비율 높을수록 ‘공통매입세액’ 안분 계산이 절세 가른다”… 2기 예정신고 10월 26일, 확정신고 1월 25일

건강보험 진료 같은 면세 의료와 미용·성형 같은 과세 진료를 함께 하는 겸영 의원은 의료기기와 임차, 인테리어처럼 두 사업에 같이 쓴 공통매입세액을 면세와 과세 공급가액 비율로 나눠 과세 몫만 공제받는다. 비급여여도 질병 치료 목적이면 면세이고 외모 개선 목적 진료는 과세여서 과세 매출 비중이 클수록 공제받는 금액이 커진다. 법인의 2기 예정신고 기한은 10월 26일이고 2기 확정신고는 2027년 1월 25일이다.

근거는 부가가치세법과 같은 법 시행령이며 소관은 국세청이다. 공통매입세액 안분계산은 시행령 제81조에서 정한다. 의료보건용역은 면세 대상이며 미용·성형 등 과세 진료의 범위는 시행령에 규정돼 있다.

불공제 매입세액은 공통매입세액에 면세공급가액을 총공급가액으로 나눈 비율을 곱해 구한다. 공통매입세액이 200만 원이고 면세 비율이 40%이면 80만 원은 공제되지 않고 120만 원을 공제받는다. 면세 비율이 낮을수록 불공제액이 줄어드는 구조다.

안분계산을 하지 않아도 되는 경우는 두 가지다. 해당 과세기간 총공급가액 중 면세공급가액이 5% 미만이면 공통매입세액 전액을 공제하되, 공통매입세액 합계가 500만 원 이상이면 이 예외에서 빠진다. 공통매입세액 합계가 5만 원 미만인 경우에도 안분을 생략한다.

예정신고 때는 해당 예정신고기간의 공급가액 비율로 안분하고 확정신고 때 과세기간 전체의 실제 공급가액으로 다시 계산해 정산한다. 개인사업자는 예정신고 대신 직전 과세기간 납부세액의 절반이 예정고지되고, 안분은 확정신고에서 과세기간 전체 기준으로 이뤄진다. 상반기에 쓴 비율과 연말 비율이 다르면 차액이 확정신고에서 조정된다.

증빙이 환급액을 좌우한다. 의료기기와 시설 매입은 세금계산서를 받아야 공제 대상이 되며, 리스 장비는 리스료 전체가 아니라 리스회사가 발급한 세금계산서의 매입세액만 공제된다. 면세 전용과 과세 전용, 공통 사용분을 구분해 두어야 안분 대상이 가려진다. 과세 매출을 누락하거나 환급을 과다하게 받은 경우는 세무조사 점검 대상이 된다.

공제되는 항목과 제외되는 항목의 경계도 갈린다. 면세 진료에만 쓴 매입세액은 공제되지 않고, 과세 진료 전용 매입세액은 전액 공제되며, 두 진료에 함께 쓴 매입세액만 안분 대상이다. 급여 진료만 하는 의원은 과세 공급이 없어 매입세액을 공제받지 못하고 환급도 발생하지 않는다.

신고는 국세청 홈택스나 세무대리인을 통해 하며 마감일에는 접속이 지연될 수 있다. 면세 수입이 있는 의원의 사업장현황신고는 2027년 2월 10일까지다. 이 내용은 국세청 신고 일정과 부가가치세법 시행령 안분계산 규정을 기준으로 정리했다.