"종소세는 5월 한 번인 줄"… 의원은 11월 30일 중간예납, 2월 현황신고

의원을 개설한 개인사업자의 종합소득세 확정신고는 다음 해 5월 1일부터 31일까지이고, 직전 해 종합소득세를 낸 경우 11월 30일에는 그 세액의 절반을 중간예납으로 낸다. 부가가치세 면세 의료업은 매년 2월 10일까지 사업장현황신고도 한다. 신고처는 관할 세무서다.

근거는 소득세법 제70조(확정신고), 제65조(중간예납), 제78조(사업장현황신고)와 시행령이며 소관은 국세청이다. 2025년 귀속분은 5월 31일이 일요일이어서 2026년 6월 1일까지였고, 2026년 중간예납 기한 11월 30일은 월요일이라 이동하지 않는다. 2026년 귀속 확정신고 기한인 2027년 5월 31일도 월요일이다. 이 기사의 기준은 2026년 10월 4일 현재 시행 중인 법령이다.

의료업은 수입금액과 무관하게 복식부기의무자다. 소득세법 시행령 제208조 제5항이 보건업의 간편장부 기준 7,500만원에서 의료업을 제외하기 때문이다. 단순경비율 적용도 시행령 제143조 제7항에 따라 배제된다. 복식부기의무자가 재무상태표, 손익계산서, 합계잔액시산표, 조정계산서를 내지 않으면 확정신고를 하지 않은 것으로 본다.

성실신고확인 대상은 해당 과세기간 수입금액이 보건업 기준 5억원 이상인 사업자이며, 직전 연도가 아니라 해당 연도 수입금액으로 판정한다. 대상자는 6월 30일까지 신고하고, 확인서를 내지 않으면 가산세가 붙는다. 가산세는 산출세액 기준 5%와 총수입금액의 0.02% 가운데 큰 금액이다. 확인에 쓴 비용은 60%, 한도 120만원까지 세액공제된다.

필요경비는 총수입금액에 대응하는 통상적인 비용이다. 시행령 제55조는 직원 급여, 사업용 자산의 임차료와 수선비, 의료기기 등 사업용 자산의 감가상각비, 직원 몫의 건강·고용·장기요양보험 사업주 부담분, 직원 복리후생비를 열거한다. 대표 본인의 건강보험료와 노인장기요양보험료도 제11호의2·3에 따라 필요경비에 들어간다.

대표 본인의 급여는 필요경비가 아니고, 가사 관련 경비와 업무와 무관한 지출은 소득세법 제33조에 따라 산입되지 않는다. 대표 본인의 국민연금은 필요경비 대신 종합소득금액에서 연금보험료공제를 받는다. 사업과 가사에 함께 쓰는 비용은 업무상 필요하고 구분되는 부분만 인정된다는 국세청 해석례가 있다.

미용 목적 성형·피부 비급여 진료는 부가가치세 과세 대상이고, 과세와 면세를 함께 하면 공통매입세액을 면세 공급가액 비율 등으로 안분한다. 근거는 부가가치세법 제26조, 제40조와 시행령 제35조다. 사업장현황신고 불성실 가산세는 의료업의 경우 무신고·미달신고 수입금액의 0.5%다.

확인은 관할 세무서에서 가능하다. 사업장현황신고에는 수입금액검토(부)표와 매출·매입처별 계산서합계표, 매입처별 세금계산서합계표가 첨부 서류로 쓰인다.