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"우리 병원, 성실신고확인 대상인지 알고 계세요?"… 몰라서 세무조사 받는 병의원들

  • 정지혜 기자
  • 입력 2026.08.11 07:07
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  • 연매출 7억5천만원이 기준선… 공동개원은 지분 아닌 '전체 매출'로 판단해 더 쉽게 걸린다

"작년보다 매출이 좀 늘었는데, 이것도 성실신고 대상인가요?" 매년 종합소득세 신고 시즌이 다가오면 개원의들 사이에서 빠지지 않는 질문이다. 문제는 이 제도를 놓치고 지나갔을 때다. 단순히 세금을 더 내는 수준이 아니라, 가산세는 물론 세무조사 대상으로 분류될 위험까지 있기 때문이다.


성실신고확인제도는 일정 규모 이상의 개인사업자가 종합소득세를 신고할 때, 세무대리인에게 장부 기장 내용의 정확성을 한 번 더 확인받도록 하는 제도다. 의료업의 경우 해당 연도 수입금액이 7억5천만원 이상이면 성실신고확인대상사업자에 해당한다.


 


■ 놓치면 어떻게 되나… 가산세와 세무조사 위험


- 가산세 부과: 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하지 않으면 산출세액에 5%의 가산세가 부과된다.

- 세무조사 대상 선정 사유: 더 큰 문제는 세금 문제가 아니다. 성실신고확인서 미제출은 세무조사 수시선정 사유에 해당해, 별다른 이유 없이도 세무조사 대상으로 선정될 수 있다.

- 신고 기한도 다르다: 성실신고확인대상사업자는 일반 개인사업자보다 한 달 더 긴 신고 기한을 적용받는다. 일반 개인사업자의 종합소득세 신고기한은 5월 말까지이지만, 성실신고확인대상자는 6월 30일까지 신고할 수 있다.


 


■ 공동개원이라면 더 조심해야 하는 이유


가장 많이 오해하는 부분이 바로 공동개원 병의원의 판단 기준이다.


- 흔한 오해: 원장 2명이 지분을 절반씩 나눠 공동개원했다면, "내 몫으로 배분되는 매출만 3억7,500만원 넘으면 대상 아니냐"고 생각하기 쉽다.

- 실제 판단 기준: 하지만 공동사업장은 손익분배비율이나 지분율로 나눈 금액이 아니라, 공동사업장 자체를 '1거주자'로 보고 전체 수입금액을 기준으로 판단한다. 즉 공동사업장 전체 매출이 7억5천만원을 넘으면, 지분율과 상관없이 각 원장 모두 성실신고확인대상자가 된다.

- 결과적으로 더 쉽게 걸린다: 공동개원 병의원은 단독개원보다 전체 매출 규모가 커지는 경우가 많아, 개별 원장 입장에서는 예상보다 훨씬 쉽게 대상 기준을 넘기게 된다.

- 겸업 중이라면: 병의원 외에 다른 개인사업을 함께 운영하고 있다면, 수입금액이 더 큰 주된 업종을 기준으로 판단하되 다른 업종의 수입금액도 일정 비율로 환산해 합산한다는 점도 알아둬야 한다.


 


■ 세무조사로 이어지면 무엇을 들여다보나


성실신고 미제출 등의 사유로 세무조사 대상에 선정되면, 조사관은 실제 현장 조사에 앞서 '준비조사'를 진행한다.


- 서류 검토: 종합소득세 신고서와 이전 신고소득율, 4대보험 자료, 세금계산서·계산서 합계표, 손해보험·자동차공제조합 수입 등을 종합적으로 검토한다.

- 소비수준 비교분석: 병의원의 유명도, 전문의 자격 보유 여부, 부동산·차량·골프회원권 등 재산 상태와 소비 생활수준을 파악한 뒤, 이를 유지하는 데 필요한 추정소득과 실제 신고소득을 비교 분석하는 절차도 포함된다.

- 오래 조사를 안 받았다면 더 위험: 몇 년간 세무조사를 받지 않았거나 불성실 신고자로 분류된 의원은 조사 대상으로 선정될 가능성이 더 크다는 점도 참고할 만하다.


 


■ 이게 우리 병원에 의미하는 것


단독개원이든 공동개원이든, 연매출이 7억5천만원 안팎이라면 지금부터 정확한 매출 규모를 파악해두는 것이 좋다. 특히 공동개원 병의원이라면 "내 지분만 계산하면 된다"는 생각으로 미리 대비하지 않았다가, 정작 신고 시즌에 갑자기 대상자로 확인돼 당황하는 경우가 적지 않다.


 


■ 확인하고 싶다면… 지금 준비할 것들


- 매출 규모 사전 확인: 세무대리인과 함께 최근 연도 수입금액을 미리 확인해, 성실신고확인대상 기준선에 가까운지 점검해두는 것이 좋다.

- 공동개원 원장이라면: 본인 지분이 아닌 공동사업장 전체 매출을 기준으로 다시 계산해봐야 한다.

- 세무대리인과 상의: 대상 여부가 애매하거나 처음 해당될 것 같다면, 신고 시즌이 되기 전에 미리 세무대리인과 상의해 장부 기장 상태를 점검해두는 것이 세무조사 리스크를 줄이는 가장 확실한 방법이다.

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