"보험진료 의원도 부가세 신고하나"… 미용 매출 있으면 1월·7월 25일까지

보험진료만 하는 의원은 부가가치세가 면세이지만 미용 시술 같은 과세 매출이 함께 있으면 일반 과세사업자처럼 신고해야 하고, 공통으로 산 장비의 매입세액은 매출 비율로 나눠 공제받는다. 신고 기한은 7월 25일과 다음 해 1월 25일이며 접수는 관할 세무서와 홈택스에서 이뤄진다.

근거는 부가가치세법과 시행령에 있다. 2026년 10월 열람 기준 세무 해설 자료에 따르면 법 제26조는 의료보건 용역을 면세로 정하고, 시행령 제35조는 의사 등이 제공하는 용역은 면세로, 미용 목적 성형수술 등은 과세로 나눈다. 공통매입세액 안분은 법 제40조와 시행령 제81조가 정하며 신고는 국세청이 받는다.

과세되는 시술의 범위는 생각보다 넓다. 쌍꺼풀과 코 성형, 지방흡인, 안면윤곽, 치아미백과 라미네이트 같은 성형에 더해 기미와 여드름 치료, 제모, 탈모 치료, 문신도 과세로 분류된다. 반면 성형 후유증 치료와 선천성 기형 재건, 종양 제거 후 재건은 면세로 남는다.

안분은 면세 공급가액의 비율로 계산한다. 과세와 면세 어느 쪽에 쓰였는지 가를 수 없는 매입세액에 총공급가액 중 면세 공급가액의 비율을 곱한 만큼은 공제되지 않고 나머지가 공제된다. 예정신고 때는 그 기간의 비율을, 확정신고 때는 과세기간 전체 비율을 적용해 정산한다.

전액 공제되는 예외도 있다. 면세 공급가액 비율이 5% 미만이면 해당하지만 공통매입세액이 500만 원 이상이면 제외되고, 공통매입세액 합계가 5만 원 미만이어도 전액 공제된다. 비율이 정확히 5%이거나 세액이 정확히 5만 원이면 미만이 아니어서 안분 대상이다.

면세사업자라 신고가 필요 없다는 말은 사실과 다르다. 실제로 과세 매출이 있으면 7월과 1월에 부가세를 신고해야 하며, 겸영사업자가 확정신고 때 면세수입금액을 함께 적으면 사업장현황신고를 한 것으로 본다. 면세 매출만 있는 경우에는 다음 해 2월 10일까지 사업장현황신고를 한다.

개인사업자의 납부 방식은 예정신고와 다르다. 직전 과세기간 납부세액의 50%를 4월과 10월에 고지받으며 고지 세액이 50만 원 미만이면 고지하지 않는다. 2026년 7월 신고는 25일이 토요일이어서 27일까지로 미뤄졌다.

감가상각자산은 별도 규정이 있다. 의료기기 같은 자산은 안분해 공제한 뒤 면세 비율이 5%포인트 이상 달라지면 납부세액을 다시 계산한다는 설명이 있으나 조문 번호는 확인되지 않았다. 확인은 관할 세무서와 홈택스에서 가능하며 준비 서류는 과세와 면세를 구분한 매출 내역과 매입 세금계산서다.